Zafer Çağlayan, 10 Kasım 1957 Muş’ta doğumludur. Ailesi önce İzmit’e oradan da Ankara'ya göç etmiştir. Çağlayan, 1980 yılında Gazi Üniversitesi Mühendislik Fakültesi, Makine Mühendisliği bölümünden mezun oldu ve Alüminyum Yapı Sistemleri sektörüne adım atmıştır.
1987 yılındaki Ankara Sanayi Odası seçimlerinde, en genç sanayici olarak, 30 yaşında Oda Meclisi üyeliğine seçildi. 1989 yılında ASO Yönetim Kurulu'na, 1991 yılında ise Yönetim Kurulu Başkan Vekilliğine seçildi. 1995 yılında yapılan Ankara Sanayi Odası seçimlerinde en genç ASO başkanı olarak, Yönetim Kurulu Başkanlığı’na seçildi ve bu görevi 2007 yılına kadar devam ettirerek, en uzun süre başkanlık yapan isim oldu
Kasım 1995 tarihinde yapılan seçimlerde en genç ASO Başkanı olarak Ankara Sanayi Odası (ASO) Yönetim Kurulu Başkanlığı’na seçildi. ASO’nun en uzun süre görev yapan başkanı olarak 2007 yılına kadar bu görevini sürdürdü.
ASO yönetiminde yer aldığı zamanda, Ankara Organize Sanayi Bölgesi'nin oluşumunda ve bu günlere gelmesinde önemli rol oynadı. Başkanlığı sırasında Ankara Sanayi Odası99 17 yılında KOBİ'lerle ilgili çalışmalarından dolayı "En Başarılı Kuruluş" seçildi.
1999 yılında yaşanan Ağustos depremi sonrası, Bedelli askerlik ve Deprem Tahvili önerilerini gündeme getirdi. Devlet bu çalışmalardan ötürü 1 milyar Alman Markı gelir elde etti.[kaynak belirtilmeli]ASO Başkanlığı sırasında devlete fayda sağlayan diğer çalışmaları; Kamu Arazilerinin ve Milletvekili Lojmanlarının Satışı, KOBİ'ler için geliştirdiği Anadolu Yaklaşımı Projesi ve Bölgesel Asgari Ücret uygulamasıdır. 1996-1998, 2002-2005 ve 2005-2007 yılları arasında Türkiye Odalar ve Borsalar Birliği (TOBB) Başkan Yardımcısı olarak da görev yaptı.
22 Temmuz 2007'de Adalet ve Kalkınma Partisi'nden Ankara milletvekili seçildi. 60. Hükümet'te Sanayi ve Ticaret Bakanlığı, ardından da Dış Ticaretten Sorumlu Devlet Bakanlığı görevlerini yürüttü.
24. Dönem Mersin Milletvekili olarak TBMM'ye tekrar girdi ve Ekonomi Bakanı olarak atandı.
İngilizce bilmekte olup evli ve iki çocuk babasıdır. Ayrıca, TOBB Ekonomi ve Teknoloji Üniversitesi ile TEPAV Türkiye Ekonomi Araştırma Vakfı Mütevelli Heyet Üyesidir.
17 Aralık 2013 tarihinde oğlu Salih Kağan Çağlayan, İstanbul Başsavcılığı tarafından yolsuzluk iddiaları nedeniyle gözaltına alındı. Daha sonra çıkarıldığı mahkeme tarafından tutuklandı. Soruşturma nedeniyle 25 Aralık 2013 tarihinde Ekonomi Bakanlığı görevinden istifa etti.[3] Oğlu Salih Kağan Çağlayan 28 Şubat 2014 tarihinde tahliye edildi.